突然の警告音…
物語は１１年前の闇の書事件

無事回収したと思われた闇の書が暴走し戦艦を乗っ取っていく…
そしてアルカンシェルまでが暴走し始める
グレアム提督は暴走する前に戦艦ごとアルカンシェルで破壊した

グレアム提督は今でも思い悩んでいた

軌道上　アースラ

通信妨害が無くなり現場の映像がデッキに映し出される

管制プログラムの広範囲攻撃が炸裂し必死に防御するなのは
一方、クロノは仮面の男の正体を見破っていた

なのはたちにユーノたちが合流する
そして、管制プログラムはとまらず拘束結界を展開する

時空管理局本部

クロノはグレアムたちに説明を求めた
なにもかも悟ったクロノの前にグレアム提督は抵抗しなかった
そして最後にクロノにデュランダルを託した

拘束結界内

なのはたちと管制プログラムの全面対決が始まる
しかし、管制プログラムの圧倒的な力の前になのはたちは防戦一方だった
そして、管制プログラムはスターライトブレイカーの詠唱を始める…
フェイトとアルフは回避距離をとるため急いで離れようとするがバルディッシュが近くに民間人がいるという

結界内で混乱するすずかとアリサ
付近に着陸して探すなのはたちは逃げようとするすずかたちを発見する
そこへスターライトブレイカーが発射され逃げる時間が無いと判断したふたりはなのはを前衛フェイトを後衛にして防御体制をとる

なんとか防御したあとすずかたちはエイミィによって安全な場所に転送された
そして、なのはたちは対決再開
管制プログラムはモンスターを召喚した
その中でも説得と続けるなのは、そしてフェイトがしびれを切らして猛攻するが闇の書に吸収されてしまう