ストーリー
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| 第１５１話 | 自動車爆発事件の真相（後編） | 1999/07/05 |
| 第１５２話 | 謎の老人失踪事件 | 1999/07/12 |
| 第１５３話 | 園子のアブない夏物語（前編） | 1999/07/19 |
| 第１５４話 | 園子のアブない夏物語（後編） | 1999/07/26 |
| 第１５５話 | 水中の鍵密室事件 | 1999/08/02 |
| 第１５６話 | 本庁の刑事恋物語２（前編） | 1999/08/09 |
| 第１５７話 | 本庁の刑事恋物語２（後編） | 1999/08/16 |
| 第１５８話 | 沈黙の環状線 | 1999/08/23 |
| 第１５９話 | 怪奇五重塔伝説（前編） | 1999/09/06 |
| 第１６０話 | 怪奇五重塔伝説（後編） | 1999/09/13 |
| 第１６１話 | 流水亭に流れる殺意 | 1999/09/20 |
| 第１６２話 | 空飛ぶ密室 工藤新一最初の事件 -60分スペシャル- |
1999/09/27 |
| 第１６３話 | 月と星と太陽の秘密（前編） | 1999/10/11 |
| 第１６４話 | 月と星と太陽の秘密（後編） | 1999/10/18 |
| 第１６５話 | 少年探偵団消失事件 | 1999/10/25 |
| 第１６６話 | 鳥取クモ屋敷の怪（事件編） | 1999/11/01 |
| 第１６７話 | 鳥取クモ屋敷の怪（疑惑編） | 1999/11/08 |
| 第１６８話 | 鳥取クモ屋敷の怪（解決編） | 1999/11/15 |
| 第１６９話 | ビーナスのキッス | 1999/11/22 |
| 第１７０話 | 暗闇の中の死角（前編） | 1999/11/29 |
| 第１７１話 | 暗闇の中の死角（後編） | 1999/12/06 |
| 第１７２話 | よみがえる死の伝言（ダイイング・メッセージ）（前編） | 1999/12/13 |
| 第１７３話 | よみがえる死の伝言（ダイイング・メッセージ）（後編） | 1999/12/20 |
| 第１７４話 | 二十年目の殺意 シンフォニー号連続殺人事件 -２時間スペシャル- |
2000/01/03 |
| 第１７５話 | ４回殺された男 | 2000/01/10 |
| 第１７６話 | 黒の組織との再会（灰原編） | 2000/01/17 |
| 第１７７話 | 黒の組織との再会（コナン編） | 2000/01/24 |
| 第１７８話 | 黒の組織との再会（解決編） | 2000/01/31 |
| 第１７９話 | 喫茶店トラック乱入事件 | 2000/02/07 |
| 第１８０話 | 赤い殺意の夜想曲（ノクターン）（前編） | 2000/02/14 |
| 第１８１話 | 赤い殺意の夜想曲（ノクターン）（後編） | 2000/02/21 |
| 第１８２話 | 大捜索９つのドア | 2000/02/28 |
| 第１８３話 | 危険なレシピ | 2000/03/06 |
| 第１８４話 | 呪いの仮面は冷たく笑う -60分スペシャル- |
2000/03/13 |
| 第１８５話 | 殺された名探偵（前編） | 2000/04/10 |
| 第１８６話 | 殺された名探偵（後編） | 2000/04/17 |
| 第１８７話 | 闇に響く謎の銃声 | 2000/04/24 |
| 第１８８話 | 命がけの復活〜洞窟の探偵団〜 | 2000/05/01 |
| 第１８９話 | 命がけの復活〜負傷した名探偵〜 | 2000/05/08 |
| 第１９０話 | 命がけの復活〜第三の選択〜 | 2000/05/15 |
| 第１９１話 | 命がけの復活〜黒衣の騎士〜 | 2000/05/22 |
| 第１９２話 | 命がけの復活〜帰ってきた新一…〜 | 2000/05/29 |
| 第１９３話 | 命がけの復活〜約束の場所〜 | 2000/06/05 |
| 第１９４話 | 意味深なオルゴール（前編） | 2000/06/12 |
| 第１９５話 | 意味深なオルゴール（後編） | 2000/06/19 |
| 第１９６話 | 見えない凶器 蘭の初推理 | 2000/06/26 |
| 第１９７話 | スーパーカーの罠 （前編） | 2000/07/03 |
| 第１９８話 | スーパーカーの罠 （後編） | 2000/07/10 |
| 第１９９話 | 容疑者・毛利 小五郎 （前編） | 2000/07/17 |
| 第２００話 | 容疑者・毛利 小五郎 （後編） | 2000/07/24 |